Ao tempo em que a ortografia da língua portuguesa ainda não dispunha de acordo, predominava um determinado padrão, que não era, no entanto, de uso obrigatório. Daí que surgisse a possibilidade de discussão da melhor fórmula a utilizar, como sucedeu no seio do Instituto, em 1895/1896, em torno da redacção da sua revista. Não nos apercebemos facilmente da dimensão da polémica apenas folheando as páginas d’O Instituto, mas sim através de uma publicação elucidativa, intitulada A questão orthographica e o Instituto de Coimbra: documentos e explicações (1896).
Ela é da responsabilidade da primeira comissão de redacção nomeada para se encarregar da publicação do vol. 43 d’O Instituto, composta por António Augusto Gonçalves, António Garcia Ribeiro de Vasconcelos, António José Teixeira de Abreu, Francisco José de Sousa Gomes e Joaquim Mendes dos Remédios. Estes sublinham o carácter somente científico da disputa em torno da questão ortográfica, que era então discutida em diversos países cultos. Esta comissão ergueu como objectivo acabar com a coexistência de diferentes grafias dentro da revista. O principal arauto desta posição foi António de Vasconcelos, 1º redactor, que propôs assim que O Instituto uniformizasse a sua grafia, seguindo o modelo da ortografia etimológica, sendo apoiado pelos restantes membros da comissão. Ora, isso implicava em alguns casos corrigir a ortografia adoptada pelos autores dos artigos, o que originou reclamações e críticas. 
Perante isto, a comissão lançou o convite de se discutir em bases científicas esta questão, inclusive nas páginas d’O Instituto, mas o diferendo acabou por ser levado à Direcção do IC. Aqui, o principal oponente foi Assis Teixeira, mas outros oradores tomaram parte na discussão, entre os quais estavam Costa Lobo e Eugénio de Castro. Falou-se na necessidade de uniformizar a ortografia, esse ponto era mais ou menos consensual, o que estava em causa era sobretudo a legitimidade da comissão de redacção para tomar esse encargo.
Acabou por ser aprovada uma moção, em sessão da Direcção de 3/5/1896, que prescrevia que os colaboradores da revista pudessem publicar os seus textos na ortografia que adoptassem. Dias mais tarde, Bernardino Machado apresentou uma proposta conciliatória para que a Direcção nomeasse uma comissão especial para estudar e definir sobre bases científicas uma nova ortografia da revista, porém, essa proposta não teve seguimento. Em resultado, ainda em Maio, a Direcção presidida por José Epifânio Marques demitiu-se, cessando funções de igual modo a comissão de redacção que por ela tinha sido nomeada. No dia 26 de Maio de 1896, em Assembleia Geral, Bernardino Machado era eleito o novo presidente do IC. Em Junho, já uma nova comissão de redacção dirigia O Instituto: Afonso Costa, Bernardo Aires, José Frederico Laranjo, Luciano António Pereira da Silva, Manuel de Azevedo Araújo e Gama.
